A. 樣品分布圖；B. 所有古代樣品和現(xiàn)代樣品的主成份分析圖；C. 網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)圖；D. 同時(shí)具有古代和現(xiàn)代的2個(gè)單倍型。

2021年12月11日，《遺傳學(xué)報(bào)（英文版）》（Journal of Genetics and Genomics）以研究論文形式在線發(fā)表了中國(guó)科學(xué)院古脊椎動(dòng)物與古人類研究所、中國(guó)社會(huì)科學(xué)院考古所和陜西省考古研究院共同主導(dǎo)完成的古代東亞家豬線粒體全基因組研究成果。研究獲取了42例來(lái)自于黃河流域的中國(guó)古代豬線粒體基因組數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)有部分類型從新石器時(shí)代早期直到現(xiàn)在連續(xù)存在于中國(guó)家豬群體中；全新世以來(lái)，家豬群體具有2次快速的種群擴(kuò)增現(xiàn)象。這些研究結(jié)果對(duì)理解東亞地區(qū)的家豬母系遺傳歷史具有重要意義。

A. 簡(jiǎn)化的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系樹；B. 推測(cè)的野豬在東亞的擴(kuò)散途徑；C. 依據(jù)東亞家豬和野豬構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系樹；D. 貝葉斯種群擴(kuò)增曲線圖。

動(dòng)物的成功馴化對(duì)人類社會(huì)發(fā)展具有里程碑式的意義，豬是最早被人類馴化的動(dòng)物之一，在農(nóng)業(yè)社會(huì)中發(fā)揮了重要作用，它也是研究動(dòng)物馴化的重要“模式動(dòng)物”。至少在1萬(wàn)到8千年前，家豬已在安那托尼亞地區(qū)和中國(guó)中原地區(qū)獨(dú)立馴化。古DNA的研究已證實(shí)安那托尼亞的家豬在約8500年前隨著新石時(shí)代早期的農(nóng)業(yè)人口進(jìn)入歐洲，但進(jìn)入歐洲的家豬不斷與歐洲本地野豬混合，導(dǎo)致歐洲現(xiàn)生的家豬僅保留0-4%的近東祖源成份，顯示出幾乎完全替代的情況。而前述研究發(fā)現(xiàn)，東亞的情況與歐洲完全不同。

東亞家豬可能的起源區(qū)域及黃河流域野豬被馴化后的群體擴(kuò)散方向示意圖。

本次研究一共獲取了42例中國(guó)黃河流域古代豬（來(lái)自于陜西：魚化寨、楊官寨等；安徽：尉遲寺；河北：小里；青海：喇家遺址）高質(zhì)量的線粒體基因組數(shù)據(jù)，時(shí)間跨度為約7500-2500年前。研究發(fā)現(xiàn)遺址中出土的部分中國(guó)古代豬（25%，可追溯到新石器時(shí)代早期）與一些東亞現(xiàn)代的家豬類型一樣。表明它們存在母系遺傳的連續(xù)性，而且至少可以追溯到新石器時(shí)代早期，這一結(jié)果支持黃河流域作為一個(gè)主要的家豬獨(dú)立馴化中心。還發(fā)現(xiàn)古代家豬和現(xiàn)生家豬的線粒體相似度很高，大多數(shù)東亞現(xiàn)代家豬分享較近的線粒體基因組類型，并且群體具有很小的遺傳距離值，反映出東亞家豬可能來(lái)源于一個(gè)母系遺傳多樣性本來(lái)就低的祖源群體，也可能與家豬選育的過(guò)程有關(guān)系。

系統(tǒng)進(jìn)化分枝樹的分析支持湄公河流域（包括中國(guó)西南地區(qū)、越南等地）是東亞大部分家豬群體的祖先群體（野豬群體）的來(lái)源地，這一區(qū)域可能作為末次冰盛期時(shí)的生態(tài)庇護(hù)所，幫助保留了大量的母系遺傳類型，所以在所有家豬和野豬群體中擁有最高的遺傳多樣性。通過(guò)古代和現(xiàn)代的線粒體基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行突變率的推算，發(fā)現(xiàn)東亞家豬群體的共同祖先可以追溯到2萬(wàn)年以內(nèi)。全新世以來(lái)，家豬群體有2次較大規(guī)模的母系有效群體擴(kuò)增事件，分別開始于大約7000年和4000年前，擴(kuò)增現(xiàn)象與東亞的氣候環(huán)境、外來(lái)農(nóng)畜引入及農(nóng)業(yè)社會(huì)形成與發(fā)展相聯(lián)系。這也反映了家豬的母系遺傳歷史與人類社會(huì)發(fā)展的緊密聯(lián)系。

本文通訊作者為中國(guó)科學(xué)院古脊椎動(dòng)物與古人類研究所的付巧妹研究員和Andrew Bennett副研究員及陜西省考古研究院胡松梅研究員，第一作者為中國(guó)科學(xué)院古脊椎動(dòng)物與古人類研究所的張明博士、劉逸宸博士、博士研究生Jacob D. Gardner，及中國(guó)社會(huì)科學(xué)院考古研究所的李志鵬副研究員和呂鵬副研究員。本研究得到中國(guó)科學(xué)院穩(wěn)定支持基礎(chǔ)研究領(lǐng)域青年團(tuán)隊(duì)計(jì)劃、中國(guó)科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項(xiàng)（B類）、國(guó)家自然科學(xué)基金等項(xiàng)目的支持。

論文鏈接：https://doi.org/10.1016/j.jgg.2021.11.014