我國開展轉(zhuǎn)基因生物安全評價，遵循國際公認的理念和原則。主要原則有：（1）科學原則。對轉(zhuǎn)基因生物及其產(chǎn)品的評價應建立在科學、客觀的基礎上，充分應用現(xiàn)代科學技術的研究手段和成果對轉(zhuǎn)基因生物及其產(chǎn)品進行科學檢測、分析和評價，并接受科學界的同行評議。（2）個案評價原則。轉(zhuǎn)基因生物的安全性因受基因供體、基因受體、基因操作方法、用途和應用環(huán)境等不同而不同。因此，應當對每一種轉(zhuǎn)基因生物逐個進行安全性評價，最大限度地發(fā)現(xiàn)安全隱患，保障安全。（3）分階段原則。轉(zhuǎn)基因生物研發(fā)和安全評價分步開展，試驗獲得的相關數(shù)據(jù)和安全評價信息可作為下一步安全評價的基礎。隨著生物技術的進步和發(fā)展，以及生物安全研究的逐步深入，對轉(zhuǎn)基因生物認識的不斷深入，安全評價方法和技術也會不斷改進和提高。（4）熟悉原則。了解某一轉(zhuǎn)基因生物的目標性狀、生物學、生態(tài)學和釋放環(huán)境、預期效果等背景信息，對與之相類似的轉(zhuǎn)基因生物就具有了安全性評價的經(jīng)驗，可以通過已經(jīng)積累的經(jīng)驗來指導新產(chǎn)品的開發(fā)。（5）比較分析原則。以非轉(zhuǎn)基因生物為參照物，對轉(zhuǎn)基因生物進行安全性評價。如果轉(zhuǎn)基因生物在分子特征、環(huán)境安全和食用安全方面與對應的非轉(zhuǎn)基因生物無實質(zhì)性差異，可以認為該轉(zhuǎn)基因生物與非轉(zhuǎn)基因生物是同樣安全的。

我國轉(zhuǎn)基因生物安全評價主要包括分子特征、環(huán)境安全風險和食用安全風險3個方面內(nèi)容。分子特征主要評價外源基因整合及表達的穩(wěn)定性，目標性狀表現(xiàn)的穩(wěn)定性，轉(zhuǎn)基因作物世代之間外源基因整合與表達情況是否帶來安全風險。食用安全主要評價外源基因及表達產(chǎn)物在可能的毒性、過敏性、營養(yǎng)成分、抗營養(yǎng)成分等方面是否符合法律法規(guī)和標準的要求，是否會帶來安全風險。環(huán)境安全主要評價轉(zhuǎn)基因生物在生存競爭能力、基因漂移、生物多樣性和對靶標害蟲抗性風險等方面是否帶來安全風險。