2月3日，頂尖學(xué)術(shù)期刊《自然》（Nature）以“加快評(píng)審文章”（Accelerated Article Preview）形式在線發(fā)表了來自中國(guó)團(tuán)隊(duì)、有關(guān)新型冠狀病毒的論文：《一種與中國(guó)呼吸道疾病相關(guān)的新冠狀病毒》。該研究團(tuán)隊(duì)獲得的新型冠狀病毒全基因組序列系全球最早公布，對(duì)之后全球的防疫和研究工作意義重大。此番論文中，研究團(tuán)隊(duì)分析了新型冠狀病毒基因組序列，該病毒基因組從來自武漢華南海鮮市場(chǎng)的一名病人身上獲得?；蚪M分析顯示，該病毒與此前在中國(guó)蝙蝠體內(nèi)找到的一組SARS樣冠狀病毒密切相關(guān)。

上述研究由中國(guó)疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所研究員、上海市（復(fù)旦大學(xué)附屬）公共衛(wèi)生臨床中心兼職教授張永振及其同事進(jìn)行。作者單位包括上海市（復(fù)旦大學(xué)附屬）公共衛(wèi)生臨床中心和公共衛(wèi)生學(xué)院、華中科技大學(xué)武漢中心醫(yī)院、中國(guó)疾病預(yù)防控制中心(CDC)傳染病預(yù)防控制研究所、武漢疾病預(yù)防控制中心、澳大利亞悉尼大學(xué)等。

2019年12月26日，上海市公共衛(wèi)生臨床中心科研項(xiàng)目常規(guī)收集到武漢市中心醫(yī)院和武漢市疾控中心的不明原因發(fā)熱患者標(biāo)本一份。2020年1月5日凌晨，研究團(tuán)隊(duì)就從標(biāo)本中檢測(cè)出一種新型SARS樣冠狀病毒，并通過高通量測(cè)序獲得了該病毒的全基因組序列（GenBank：MN908947）。

1月11日，研究團(tuán)隊(duì)在《病毒學(xué)組織》網(wǎng)站（virological.org）發(fā)布了所獲得的新型冠狀病毒全基因組序列，系全球最早公布該病毒序列的團(tuán)隊(duì)，此舉對(duì)后續(xù)新型冠狀病毒的溯源以及鑒定至關(guān)重要。1月14日，世界衛(wèi)生組織（WHO）正式將引發(fā)此輪肺炎的病毒命名為2019新型冠狀病毒（2019-nCoV）。

值得一提的是，上述病毒全基因組序列在國(guó)際上公布后，國(guó)際上多只團(tuán)隊(duì)即開始緊鑼密鼓開始著手相關(guān)的疫苗研發(fā)工作。

論文披露，該研究的樣本來自一名41歲的男性患者，無肝炎史、肺結(jié)核或糖尿病。2019年12月26日，他出現(xiàn)癥狀后的第6天，他在武漢市中心醫(yī)院住院。當(dāng)時(shí)他已經(jīng)發(fā)燒（>37.5°C）、胸悶、干咳、全身疼痛無力一周。

武漢市疾控制中心的流行病學(xué)調(diào)查顯示，該患者在當(dāng)?shù)氐娜A南海鮮市場(chǎng)工作。值得注意的是，除了魚類和貝類魚類外，在疫情爆發(fā)之前，該市場(chǎng)還出售各種活的野生動(dòng)物，包括刺猬、獾、蛇和鳥類（斑鳩），以及動(dòng)物尸體和動(dòng)物肉。

但據(jù)稱該市場(chǎng)不出售蝙蝠。盡管患者可能與市場(chǎng)上的野生動(dòng)物接觸過，但他回憶說沒有接觸活禽。在武漢市中心醫(yī)院，該患者被認(rèn)為是新型冠狀病毒疑似病例。住院期間他的支氣管肺泡灌洗液（BALF）被收集并保存在-80°C環(huán)境，為下一步實(shí)驗(yàn)做準(zhǔn)備。

針對(duì)他心血管、腹部和神經(jīng)系統(tǒng)的物理檢查結(jié)果正常，他的淋巴細(xì)胞輕度減少（每立方毫米少于900個(gè)細(xì)胞），但是在全血細(xì)胞計(jì)數(shù)（CBC）測(cè)試中他的白細(xì)胞和血小板數(shù)量正常。

他的C反應(yīng)蛋白遠(yuǎn)高于正常水平（CRP，血液含量41.4mg/L，參考范圍為0-6mg/L），此外，他的天冬氨酸轉(zhuǎn)氨酶、乳酸脫氫酶和肌酸激酶在血液化學(xué)測(cè)試中略高于正常水平。

患者有輕度低血氧癥，在動(dòng)脈血?dú)庠囼?yàn)中氧水平為67mmHg。入院第1天（發(fā)病后第6天），患者胸片顯示異常，存在磨玻璃陰影。

入院后第5天（發(fā)病后第11天），患者的胸片顯示雙側(cè)彌漫性斑塊狀模糊影。醫(yī)院期間聯(lián)合使用抗生素、抗病毒藥和糖皮質(zhì)激素進(jìn)行治療，但患者表現(xiàn)出呼吸衰竭，并接受了高流量無創(chuàng)通氣。治療3天后患者的病情沒有改善，他被送進(jìn)了重癥監(jiān)護(hù)室(ICU)。

治療3天后病情無改善。入院6天后，該患者轉(zhuǎn)到武漢另一家醫(yī)院接受治療。

為調(diào)查與該疾病相關(guān)的可能病原，研究團(tuán)隊(duì)收集了患者的支氣管肺泡灌洗液（BALF）并進(jìn)行了深度轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。該臨床標(biāo)本在上海公共衛(wèi)生臨床中心生物安全三級(jí)實(shí)驗(yàn)室中處理。從200微升支氣管肺泡灌洗液提取總RNA（核糖核酸），并使用Illumina MiniSeq構(gòu)建亞轉(zhuǎn)錄組文庫，用于成對(duì)末端(150bp)測(cè)序。

研究團(tuán)隊(duì)總共產(chǎn)生了56565928個(gè)從頭開始的序列讀取組裝并篩選潛在的病原體。在Megahit組裝的384096個(gè)重疊群中，最長(zhǎng)的(30,474個(gè)核苷酸[nt])具有很高的豐度，并且與蝙蝠SARS樣冠狀病毒分離株bat-SL-CoVZC45高度相似。

這與此前1月30日國(guó)際頂級(jí)醫(yī)學(xué)期刊《柳葉刀》上披露的結(jié)果類似?！读~刀》一篇論文指出，對(duì)2019-nCoV完整基因組進(jìn)行的源序列搜索顯示，GenBank（美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心建立的DNA序列數(shù)據(jù)庫）中最緊密相關(guān)的病毒是bat-SL-CoVZC45（同源性87.99％；查詢覆蓋率99％），以及另一種蝙蝠起源的SARS樣乙型冠狀病毒bat-SL-CoVZXC21（登錄號(hào)MG772934；同源性87.23％；查詢覆蓋率98％）。這兩種最緊密相關(guān)的病毒均采集于2018年中國(guó)東部城市舟山。

這種新型病毒的基因組序列及其末端分別通過RT-PCR和5'/3'RACE試劑盒（TaKaRa）被該團(tuán)隊(duì)確認(rèn)，團(tuán)隊(duì)將該病毒稱為WH-Human 1冠狀病毒（WHCV）（現(xiàn)被普遍稱為“2019-nCoV”），其全基因組序列（29903nt）已存入GenBank，登錄號(hào)為MN908947。通過定量PCR(qPCR)估計(jì)BALF樣品中的病毒載量為3.95×10^8拷貝/mL。

為了更好地了解WHCV感染人類的能力，研究團(tuán)隊(duì)將其刺突蛋白的受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域（RBD）與SARS冠狀病毒和蝙蝠SARS樣冠狀病毒的進(jìn)行比較。WHCV的RBD序列與SARS冠狀病毒的RBD序列（氨基酸同源性73.8％-74.9％）和SARS樣冠狀病毒（包括Rs4874，Rs7327和Rs4231毒株，氨基酸同源性75.9％-76.9％）的親緣關(guān)系都較近，而它們都能通過人類ACE2受體進(jìn)入細(xì)胞。

研究團(tuán)隊(duì)在論文的最后提到，盡管在中國(guó)的蝙蝠中廣泛發(fā)現(xiàn)了SARS樣病毒，但與SARS-CoV相同的病毒尚未記錄。值得注意的是，2019-nCoV與蝙蝠冠狀病毒最密切相關(guān)，甚至在nsp7和E蛋白中與Bat-SL-CoVZC45表現(xiàn)出100%的氨基酸相似性。

因此，這些數(shù)據(jù)表明蝙蝠可能是2019-nCoV的宿主。但是，由于首次報(bào)告該病時(shí)市場(chǎng)上有多種動(dòng)物在出售，因此需要更多的工作來確定2019-nCoV的天然宿主和中間宿主。

注：A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature (2020). 論文地址為https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3